6月14日下午，阿里巴巴集团在杭州召开临时媒体沟通会，董事局主席马云对目前支付宝股权转让风波首次面对面作出回应。

在正在进行的媒体见面会上，马云依旧强调，阿里巴巴管理层支付宝股权转移一事在2009年就得到了董事会的授权，有会议纪要为证，董事会不知情一说没有依据。而在董事会上，杨致远表示“卖也行”，但孙正义每次都回避“我还有一分钟就要走了”，导致决议难产。在获取第三方支付牌照问题上，马云表示如果支付宝没有拿到牌照，6亿用户都变成非法，结果不可设想。按照央行报告，如果不是100％内资的话，就没资格申请第三方支付牌照，但雅虎和软银都认为，协议控制是没问题的。在与胡舒立的短信沟通中，马云也表示支付数据涉及到一个国家的经济安全，目前来说管理层控股是最好的方式。

在最新一期财新《新世纪》周刊“财新观察”栏目中，财新总编辑胡舒立胡舒立发表社评《马云为什么错了》引起了广泛关注和争议。北京时间6月12日凌晨1时，胡舒立接获马云的短信，两人就支付宝转移一事以短信方式交谈了2小时；6月13日下午马云回国后，两人又继续就此事沟通交谈。

6月13日晚间消息，云锋基金创始人虞锋一度连发四条微博，驳斥《新世纪》周刊总编辑胡舒立批判马云转让支付宝资产的言论，称面临申请牌照的最后期限，马云只能先符合国家规定，随后再谈商业条件。